Uno de los secretos mejor guardados de Skype es su protocolo, preparado para saltarse firewalls a la vez que actúa como cliente P2P multinodo es, sin lugar a dudas, una gran implementación que si no fuera por su código cerrado sería una gran evolución de otros como IAX (o DUNDi).
Obligada lectura para aquellos que tengan curiosidad:
http://sinologic.net/public/SkypeProtocol/html/SkypeProtocol.htm